在9月16日下午召開的日本眾參兩院會議上，推選前官房長官菅義偉(自民黨總裁)為日本第99任首相。與此同時，新首相菅義偉也于當日成立了由自民黨與公明黨組成的聯合內閣。此次首相換屆選舉距2012年12月26日安倍晉三就任以來已時隔約7年9個月。

據悉，在此次首相指名選舉中，自民與公明兩黨在眾議院的314人、參議院的142人將票投給了菅義偉。在野黨的立憲民主黨、國民民主黨、共產黨等各黨派則將票投給了立憲民主黨代表枝野幸男。
 

菅義偉在眾議院神奈川2區(橫濱市西區、南區、港南區)的選舉中曾8次當選，并在安倍前首相手下擔任官房長官長達2822天，成為歷代之最。在此次自民黨總裁選舉中，菅義偉通過聲明“將繼承安倍政權”而獲勝。
 

在國會中接受首相指名后，菅義偉組建了新內閣，起用了安倍前首相的親信，曾任官房副長官的前厚生勞動大臣加藤勝信接替自己成為內閣官房長官一職的人選。副首相兼財務大臣麻生太郎、外務大臣茂木敏充、文部科學大臣萩生田光一等人則繼續連任。由此可見，新內閣成員的布局中，原安倍政權的閣僚們連任和調任引人注目。
 

另一方面，安倍首相在任職的最后1天，于16日進入首相官邸時，接受了記者的采訪。在被問到心境如何時，安倍表示：“自自民黨奪回政權以來，我在復蘇經濟以及為保護國家利益而進行的外交事宜中，每天都盡了全力。與國民一起挑戰了各種各樣的課題，這些都是令我驕傲的成就，為此表示衷心的感謝！”